再現させることはできていません。

Peggy Pro 内の複数のウインドウにまたがって乱れて
いますので、おそらくPeggy Pro単体の問題ではないような
気がします。バグ等であれば、編集ウインドウが乱れても、
それがプロジェクトウインドウやウインドウの枠の部分まで
影響を与えることはありません。

そう考えると、何らかの原因により Windows の画面更新を
判断する仕組みがときどき正常に動作しなくなり、画面更新
イベント (WM_PAINT)が正しく送られてこないように見えます。

推測ですが、Windowsのどこかが正常に動作していない、又は
platex.exeが何かしているか、Peggy Pro のファイルが壊れて
いるものがある??? くらいでしょうか。他にもあるかもしれま
せん。

まずできることは、Peggy Pro を再インストールしてみる
ことでしょうか。